Refine
Departments, institutes and facilities
Document Type
- Article (56)
- Conference Object (6)
- Part of a Book (2)
- Contribution to a Periodical (1)
- Patent (1)
- Working Paper (1)
Year of publication
Keywords
- Force field (3)
- Software (2)
- ACPYPE (1)
- AMBER (1)
- AML (1)
- Alkane (1)
- Atomistic force fields (1)
- Basis set (1)
- Binding Sites (1)
- Carbohydrate (1)
Structure-activity relationships of thiostrepton derivatives: implications for rational drug design
(2014)
Wo Laborexperimente zu aufwendig, zu teuer, zu langsam oder zu gefährlich oder Stoffeigenschaften gar nicht erst experimentell zugänglich sind, können Computersimulationen von Atomen und Molekülen diese ersetzen oder ergänzen. Sie ermöglichen dadurch Reduktion von Kosten, Entwicklungszeit und Materialeinsatz. Die für diese Simulationen benötigten Molekülmodelle beinhalten zahlreiche Parameter, die der Simulant einstellen oder auswählen muss. Eine passende Parametrierung ist nur bei entsprechenden Kenntnissen über die Auswirkungen der Parameter auf die zu berechnenden Größen und Eigenschaften möglich. Eine Gruppe von Standardparametern in molekularen Simulationen sind die Partialladungen der einzelnen Atome innerhalb eines Moleküls. Die räumliche Ladungsverteilung innerhalb des Moleküls wird durch Punktladungen auf den Atomzentren angenähert. Für diese Annäherung existieren diverse Ansätze für verschiedene Molekülklassen und Anwendungen. In diesem Teilprojekt des Promotionsvorhabens wurde systematisch der Einfluss der Wahl des Partialladungssatzes auf potentielle Energien und ausgewählte makroskopische Eigenschaften aus Molekulardynamik-Simulationen evaluiert. Es konnte gezeigt werden, dass insbesondere bei stark polaren Molekülen die Auswahl des geeigneten Partialladungssatzes entscheidenden Einfluss auf die Simulationsergebnisse hat und daher nicht naiv, sondern nur ganz gezielt getroffen werden darf.
Energy Profiles of the Ring Puckering of Cyclopentane, Methylcyclopentane and Ethylcyclopentane
(2019)
Computational chemistry began with the birth of computers in the mid 1900s, and its growth has been directly coupled to the technological advances made in computer science and high-performance computing. A popular goal within the field, be it Newtonian or quantum based methods, is the accurate modelling of physical forces and energetics through mathematics and algorithm design. Through reliable modelling of the underlying forces, molecular simulations frequently provide atomistic insights into macroscopic experimental observations.