Refine
H-BRS Bibliography
- yes (4)
Departments, institutes and facilities
Document Type
- Article (2)
- Part of a Book (1)
- Conference Object (1)
Year of publication
- 2017 (4) (remove)
Keywords
- Alkane (1)
- MP2.5 (1)
- fuel (1)
- hydrocarbon (1)
- lipid (1)
- octane (1)
- quantum mechanics (1)
Wo Laborexperimente zu aufwendig, zu teuer, zu langsam oder zu gefährlich oder Stoffeigenschaften gar nicht erst experimentell zugänglich sind, können Computersimulationen von Atomen und Molekülen diese ersetzen oder ergänzen. Sie ermöglichen dadurch Reduktion von Kosten, Entwicklungszeit und Materialeinsatz. Die für diese Simulationen benötigten Molekülmodelle beinhalten zahlreiche Parameter, die der Simulant einstellen oder auswählen muss. Eine passende Parametrierung ist nur bei entsprechenden Kenntnissen über die Auswirkungen der Parameter auf die zu berechnenden Größen und Eigenschaften möglich. Eine Gruppe von Standardparametern in molekularen Simulationen sind die Partialladungen der einzelnen Atome innerhalb eines Moleküls. Die räumliche Ladungsverteilung innerhalb des Moleküls wird durch Punktladungen auf den Atomzentren angenähert. Für diese Annäherung existieren diverse Ansätze für verschiedene Molekülklassen und Anwendungen. In diesem Teilprojekt des Promotionsvorhabens wurde systematisch der Einfluss der Wahl des Partialladungssatzes auf potentielle Energien und ausgewählte makroskopische Eigenschaften aus Molekulardynamik-Simulationen evaluiert. Es konnte gezeigt werden, dass insbesondere bei stark polaren Molekülen die Auswahl des geeigneten Partialladungssatzes entscheidenden Einfluss auf die Simulationsergebnisse hat und daher nicht naiv, sondern nur ganz gezielt getroffen werden darf.
Human butyrylcholinesterase (BChE) is a glycoprotein capable of bioscavenging toxic compounds such as organophosphorus (OP) nerve agents. For commercial production of BChE, it is practical to synthesize BChE in non-human expression systems, such as plants or animals. However, the glycosylation profile in these systems is significantly different from the human glycosylation profile, which could result in changes in BChE's structure and function. From our investigation, we found that the glycan attached to ASN241 is both structurally and functionally important due to its close proximity to the BChE tetramerization domain and the active site gorge. To investigate the effects of populating glycosylation site ASN241, monomeric human BChE glycoforms were simulated with and without site ASN241 glycosylated. Our simulations indicate that the structure and function of human BChE are significantly affected by the absence of glycan 241.